Η ιστορία του Kendo χωρίζετε σε τρεις ιστορικές φάσεις. Το Kendo διέρχεται την πρώτη του φάση κατά την περίοδο των εμφύλιων πολέμων (sengokujidai – περίοδοι Muromachi 1336 – 1573 και Azuchi-Momoyama 1568 – 1603) κατά την οποία η πολιτική ισχύς μετατοπίζεται από τους αριστοκράτες (kuge) προς την τάξη των πολεμιστών (buke, bushi, samurai). Η δεύτερη φάση περιλαμβάνει όλη την περίοδο Edo ή Tokugawa (1603 – 1868) κατά την οποία η ενοποιημένη Ιαπωνία διοικείται από την στρατιωτική κυβέρνηση (Bakufu) της οικογένειας Tokugawa. Η τρίτη φάση αρχίζει με την περίοδο Meiji (1868-1912) και την παλινόρθωση του αυτοκράτορα και συνεχίζεται ως τις μέρες μας.
Κατά την πρώτη φάση δημιουργούνται οι πρώτες σχολές (ryu, ryu-ha) πολεμικών τεχνών (Bugei) οι οποίες ενοποιούν την μέχρι τότε διεσπαρμένη γνώση της τακτικής και των όπλων σε οργανωμένα σύνολα. Τα ryu-ha αυτής της περιόδου δεν επιτρέπουν τη διδασκαλία τεχνικών σε μη μέλη των σχολών, αν και απευθύνονται σε μαχητές από κάθε κοινωνική τάξη. Στην ύλη τους περιλαμβάνεται ένας μεγάλος αριθμός όπλων, τεχνικές άοπλης μάχης, ειδικές γνώσεις βοτανικής, στρατηγικής αλλά ακόμα και μαντείας. Στο επίκεντρο όλων αυτών των γνωστικών αντικειμένων δεσπόζει περίοπτα η διδασκαλία των τεχνικών του σπαθιού, ενώ δεν είναι τυχαίο ότι ο όρος ken-po (ken-do) πολλές φορές χρησιμοποιείτε ως συνώνυμο της στρατηγικής (hei-ho), αφού οι πολεμιστές αυτής της περιόδου πίστευαν ότι η ατομική τακτική ήταν η βάση της γενικής στρατηγικής. Η εκπαίδευση γινόταν με κανονικά όπλα ή με όπλα χωρίς κόψη ή με ξύλινες απομιμήσεις αυτών (bo-ken) ενώ το βασικό εκπαιδευτικό μέσο είναι τα Kata (σκιαμαχία μεταξύ δυο αντιπάλων η οποία περιλαμβάνει συγκεκριμένες τεχνικές). Τα Kata εκτελούνται σχετικά ελεύθερα και έχουν πρακτικό χαρακτήρα. Στην αρχή της περιόδου τα ryu-ha περιορίζονται σε μόλις τρία, ενώ προς τα τέλη της φτάνουν της μερικές εκατοντάδες.
Η δεύτερη φάση χαρακτηρίζεται από τη διαμόρφωση μιας απόλυτης ιεραρχικής κοινωνικής πυραμίδας, ενώ οι πληθυσμός χωρίζεται σε «απόλυτες» και «κλειστές» κάστες και απαγορεύεται η μεταπήδηση από τη μια κάστα στην άλλη. Η φεουδαλική εξουσία καταρρέει καθώς οι μέχρι πρότινος ελεύθεροι samurai αυτής της περιόδου χαρακτηρίζονται από τον οπλισμό τους αφού είναι και οι μόνοι που επιτρέπεται να φέρουν δυο σπαθιά (daisho) -ένα κοντό (wakizashi) και ένα μακρύ (katana). Σε ορισμένα μέλη των άλλων καστών δίνεται άδεια από το κράτος να φέρουν ένα σπαθί (katana), συνήθως ως τιμητικό διακριτικό. Η νέα κατάσταση υποχρεώνει τους samurai σε επανεξέταση του ρόλου τους μέσα στην κοινωνία και τότε ακριβώς γράφονται τα σημαντικότερα κείμενα που αφορούν το ήθος του πολεμιστή (bushi-do, shi-do) όπως το «Heiho Kadensho – The Life-giving Sword» του Yagyu Munenori, το «Fudochi Shinmyoroku – The Unfettered Mind» και το «Ken to Zen – Ξίφος και Ζεν» γραμμένα για τον shogun Tokugawa Iemitsu από τον ιερέα Takuan και το «Gorin-no-SHO – Το Βιβλίο των Πέντε Δαχτυλιδιών» από τον Miyamoto Musashi.
Οι samurai υποχρεώνονται να ενταθούν και να προσφέρουν υποτέλεια σε ένα συγκεκριμένο φέουδο παρά σε κάποιον πολέμαρχο, ενώ τα καθήκοντα τους είναι περισσότερο διοικητικής φύσεως, μετατρέποντας έτσι την τάξη των πολεμιστών σε τάξη δημόσιων λειτουργών και αξιωματούχων. Οι ειρηνικές συνθήκες της περιόδου ευνοούν την ανάπτυξη του εμπορίου και των μεγαλουπόλεων, ενώ οι μεγαλέμποροι δημιουργούν κλειστά καρτέλ και συγκεντρώνουν τεράστια οικονομική και πολιτική εξουσία στα χέρια τους.
Υπό το νέο καθεστώς υπάρχει έντονη επιθυμία και απαίτηση τόσο από τους samurai όσο και από εύπορους αστούς για εκπαίδευση στις πολεμικές τέχνες, κάτι που έχει σαν συνέπεια αφενός τη δραματική αύξηση των ryu-ha σε μερικές χιλιάδες, αφετέρου τη δημιουργία νέων πρακτικών εξάσκησης έτσι ώστε να αυξηθεί η ασφάλεια της πρακτικής εξάσκησης και να δοθεί η δυνατότητα αγώνων επίδειξης. Σε αυτό το πλαίσιο εντάσσεται η ανάπτυξη ενός νέου εκπαιδευτικού όπλου από bamboo και δέρμα, του shinai (γνωστό και ως fukuro-jinai), καθώς και η δημιουργία ενός κατάλληλου προστατευτικού εξοπλισμού. Συγκεκριμένα, την περίοδο Shotoku (1711-1715) ο Naganuma Shirozaemon-Kunisato της σχολής Jiki-shinkage-ryu διαμόρφωσε τον πρόδρομο του σημερινού bogu και επινόησε νέες εκπαιδευτικές τεχνικές με τη χρήση του shinai. Τα νέα όπλα και οι τεχνικές εκπαίδευσης έχουν την τάση να μειώνουν τη φονική δυνατότητα των ασκούμενων. Κάποια, συνήθως παλαιοτέρα και ποιό εδραιωμένα ryu-ha, τα απορρίπτουν, κάποια αλλά εν μέρη τα υιοθετούν ενώ κάποια τρίτα φτάνουν στο άλλο άκρο και μετατρέπουν τις εκπαιδευτικές πρακτικές τους σε ένα είδος στιλιζαρισμένης κίνησης και «χορευτικής επίδειξης». Δεν είναι τυχαίο ότι σε αυτήν την περίοδο εμφανίζεται ο όρος Kaho-kenpo (λουλουδάτη σπαθασκία), ενώ τα Kata πολλών σχολών γίνονται πολύ στυλιζαρισμένα και όχι τόσο πρακτικά.
Η τρίτη φάση ξεκινάει με την κατάργηση των ειδικών προνομίων των samurai, την απαγόρευση της κατοχής σπαθιών και την αλλαγή του πολιτεύματος από στρατιωτική ολιγαρχία σε συνταγματική μοναρχία δυτικού τύπου. Πολλοί samurai και πολλοί δάσκαλοι σπαθιού μένουν άνεργοι μην έχοντας άλλο μέσο βιοπορισμού από τις πολεμικές τέχνες και αρκετοί από αυτούς αναγκάζονται να χρησιμοποιήσουν της ικανότητες τους για να δίνουν επιδείξεις πολεμικών τεχνών μπροστά σε πλήθη καθημερινών ανθρώπων. Οι επιδείξεις αυτές είναι περισσότερο καλλιτεχνικές παραστάσεις, αφού χαρακτηρίζονται από το θεατρινισμό παρά την πρακτικότητα τους. Αρχικά ο λαός φαίνεται να απορρίπτει τα παλιά ιαπωνικά ήθη, αλλά αυτή η τάση αλλάζει μέσα σε μια δεκαετία, κάτι που οδηγεί τους αξιότερους από τους παλαιούς δάσκαλους πίσω στη δικαιωματική τους θέση, στην εκπαίδευση μαχητών, κυρίως στην αστυνομία και το στρατό.
Στο 28ο έτος της εποχής Meiji (1829), καθιερώνεται η Dai Nippon-Butoku- Kai (Παν-Ιαπωνική Ομοσπονδία Πολεμικών Αρετών) ενώ λίγο αργότερα, το 1899, ο Inazao Nitobe, ένας χριστιανός Ιάπωνας διπλωμάτης γραφεί στα αγγλικά το βιβλίο Bushido: The Soul of Japan στοχεύοντας το διεθνές κοινό. Πολλά ryu-ha της περιόδου κρατούν μέχρι και σήμερα την αυτονομία τους, ενώ αλλά τείνουν να ενοποιηθούν, κάτι που οδηγεί τους δάσκαλους σπαθιού της αστυνομίας να διαμορφώσουν ένα σύνολο Kata ως κοινή εκπαιδευτική βάση.
Στο πρώτο έτος της περιόδου Taisho (1912) δημιουργείται το σετ Dai Nippon-Teikoku Kendo Kata, το όποιο στοχεύει στην ευρύτερη ενοποίηση της ύλης όσων ryu-ha χρησιμοποιούν shinai, bogu και πραγματοποιούν αγώνες. Και στο όγδοο έτος της εποχής Taisho (1919), ο Nishikubo Hiromichi αντικαθιστά τον ορό Bujustu (πολεμική τεχνική) με τον ορό Budo (πολεμική ατραπός) για να τονίσει τις ιδιαίτερες ηθοπλαστικές πτυχές της εκπαίδευσης του σπαθιού. Κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, η εκπαίδευση στο Kendo και σε αλλά Budo γίνεται υποχρεωτική στα σχολεία και η φυσική αγωγή χρησιμοποιείτε ως μέσο προπαγάνδας από το πολιτικό-στρατιωτικό κατεστημένο.
Μετά την ήτα και την υπογραφή της συνθήκης ειρήνευσης, η αμερικανική διοίκηση απαγορεύει την εξάσκηση στις πολεμικές τέχνες, συμπεριλαμβανόμενου και του Kendo. Όμως, η εξάσκηση συνεχίζεται παραλλαγμένη και υπό την ονομασία Shinai-geiko (αγώνας με shinai). Η άρση των αμερικανικών απαγορεύσεων επιτρέπει το 1952 την ίδρυση της Ιαπωνικής Ομοσπονδίας Kendo (AJKF). Επιπλέον, το Kendo αποκτά σταδιακά διεθνές ενδιαφέρον και το 1970 ιδρύεται η Διεθνής Ομοσπονδία Kendo (IKF) και το πρώτο Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Kendo (WKC) πραγματοποιείται στο Nippon Budokan το ίδιο έτος.